В 1837 г. Саблуков был назначен преподавателем татарского языка в семинарии, а в 1841 г. исправлял калмыцкий букварь священника Дилигентского по заметкам известного знатока монгольского языка проф. Казанского университета А. В. Попова, раньше рассматривавшего этот букварь. Саблуков  выдавался среди своих сослуживцев обширностью познаний и трудолюбием, вследствие чего семинарское и епархиальное начальство возлагало на него множество разнообразных поручений. Саратовский архиерей преосвященный Иаков обратил особенное внимание на Саблукова, приблизил его к себе и привлек к разбору восточных древностей, находимых близ старейших городищ в нижнем Поволжье от времени Золотой Орды — Укека (Увека) и в Цареве. Определяя и описывая монеты преосвященного Иакова, Саблуков приобрел вскоре такие познания в нумизматике, что к нему стали обращаться любители древних монет; из них особенно выдаются: владелец Усть-Укека Н. Я. Маурин и обер-прокурор II департамента сената М. К. Цеймерн. Несмотря на свои служебные занятия, Саблуков охотно разбирал и описывал присылаемые к нему монеты; Н. Я. Маурину, с которым он был в более близких отношениях, он не только определил множество монет, но и написал для него историю древнего Укека.

В 1843—1844 гг. известный исследователь русского народного быта А. B. Терещенко был послан Министерством Народного Просвещения для раскопок на месте Сарая в Цареве; не зная ни татарского, ни арабского языков, он не мог обойтись без руководителя: таковым явился Саблуков. Он делился с Терещенко своими сведениями по истории Кипчакской орды, по изучению древнего быта татар и по восточной нумизматике и кроме того помогал ему в собирании материала для книги, вышедшей под заглавием "Быт русского народа" в СПб. в 1848 г. — Через Терещенко и через Цеймерна о занятиях Саблукова узнали в Петербурге. Академик Френ заинтересовался описанием джучидских монет, составленным Саблуковым, вступил с ним в переписку, доложил о нем Академии наук, исходатайствовал высылку четырех академических изданий и посылал для пользования разные книги по нумизматике из своей собственной библиотеки. — Н. И. Костомаров, находившийся в административной ссылке в Саратове, был редактором "Сарат. губ. вед." и предложил преподавателям духовной семинарии участвовать в этой газете.

Саблуков доставил для напечатания несколько статей, касающихся мусульманских обрядов и разных русских обычаев, и приготовил к печати перевод Ибн-Фоцлана, но губернатор Кожевников нашел излишним помещение этого перевода в газете. В 1849 г. Гордий Семенович был вызван в Казань для участия в работах состоявшего при тамошней духовной академии переводческого комитета, занимавшегося переводом на татарский язык Священных и богослужебных книг; одновременно с этим он был назначен бакалавром греческого языка в Казанскую Духовную Академию и преподавателем татарского языка в духовную семинарию. Товарищи Саблукова, наставники Саратовской Духовной Семинарии, радовались его повышению и выразили свое к нему уважение и расположение поднесением серебряного вызолоченного кубка с надписями на татарском, арабском, еврейском и персидском языках следующих слов: смирение, терпение, труд и дружба. В этих надписях указаны и выдающиеся душевные качества Саблукова и его любовь к изучению восточных языков, влечение к которым он чувствовал с детства.

В 1856—1858 гг. Гордий Семенович преподавал татарский и арабский языки в противомусульманском отделении Казанской Дух. Академии, а после выхода в отставку бакалавра Н. И. Ильминского остался в этом отделении единственным наставником, и главное внимание обратил на противомусульманскую полемику, которую преподавал в строго систематической форме. Он сам составил программу этой науки, стараясь совместить в ней изучение ислама по источникам и опровержение его по сравнению с христианством. Интересен отзыв о Саблукове одного из бывших его слушателей в Каз. Дух. Академии проф. Аристова (в книге о Щапове). "Г. С. Саблуков, — говорит он, — был отличным знатоком восточных и классических языков; он преподавал у нас греческий язык замечательным образом. Каждое слово, каждое выражение выяснял путем сравнительной филологии, сообщал громадную массу сведений историко-этнографических, литературных, бытовых и археологических. Вообще его приемы преподавания можно считать образцовыми, да вдобавок и поучиться у него было чему. Он постоянно для объяснения византийских писателей прибегал к восточной литературе и указывал их взаимную связь... Он был полным олицетворением идеала ученого мужа, образцом необычайного трудолюбия, высокой честности и святой жизни".

После того как Саблуков  вышел в 1862 г. в отставку, просветительная деятельность его приняла еще более широкие размеры. Он посещал крещено-татарскую и мусульманские школы, где разговаривал с учениками о разных предметах, ездил по татарским деревням, принимал у себя на дому миссионеров, учеников крещено-татарской школы и шакирд мусульманских школ. Ученые татары изумлялись его знанию мусульманства и его праведной жизни, а некоторые из них считали его даже тайным мусульманином, уверяя, что нельзя так хорошо знать их закон, не будучи мусульманином. Татары называли Саблукова Гордей-бабай (дедушка), и он пользовался между ними большой любовью и известностью не только в городе, но и далеко в окрестностях, куда он предпринимал иногда летом прогулки пешком, чтобы потолковать с каким-нибудь муллой. Когда Православное Миссионерское Общество учредило в Казани частный миссионерский приют, а вслед за тем образовалась комиссия для переводов Священных и богослужебных книг на инородческие языки, Саблуков сделался одним из самых деятельных членов этой комиссии и особенно потрудился при рассмотрении и проверке перевода "Служебника на церковнославянском и татарском языках".